Badan Pengawasan Mahkamah Agung RI melakukan pemeriksaan audit kinerja Tahun 2023 dan Semester I Tahun 2024 terhadap Pengadilan Militer III-12 Surabaya. Audit kinerja dimaksud ditujukan untuk memberikan keyakinan memadai atas kinerja penyelesaian perkara, kinerja pelaksanaan eksekusi, efektifitas dan efisiensi pengelolaan keuangan perkara serta pelaksanaan fungsi pelayanan peradilan pada Pengadilan Militer III-12 Surabaya.
Berdasarkan Surat Tugas Nomor : 610/BP/ST.PW1.1.1/VIII/2024 tertanggal 2 Agustus 2024 yang dikeluarkan oleh Kepala Badan Pengawasan (BAWAS) Mahkamah Agung RI menugaskan 6 orang Tim yang terdiri dari Sugiyanto Pengawas pada Bawas MARI sebagai Pengendali Mutu, Suradi pada Bawas MARI sebagai Pengendali Teknis, Muhamad Khazim pada Bawas MARI sebagai Ketua Tim, Primafika Syofyan dan Amarillo Rizkia pada Bawas MARI sebagai Anggota, Nur Susana Tifa pada Bawas MARI sebagai Sekretaris Audit kinerja dilaksanakan pada tanggal 13 s.d 16 Agustus 2024. Tim Bawas yang tiba pada hari Selasa (13/8) tdisambut langsung oleh Kepala Pengadilan Militer III-12 Surabaya, Wakil Kepala dan Sekretaris Pengadilan Militer III-12 Surabaya.