1. Mewujudkan visi dan misi serta penanaman nilai-nilai kedisiplinan di lingkungan Pengadilan Militer III-12 Surabaya.

2. Memenuhi kebutuhan Personil dan Materiel Organisasi Pengadilan Militer III-12 Surabaya.

3. Meningkatkan Sumber Daya Manusia (SDM) Hakim, Panitera dan Staf serta meningkatkan sarana dan prasarana guna mewujudkan modernisasi Pengadilan Militer III-12 Surabaya.

4. Meningkatkan percepatan penyelesaian perkara Pengadilan Militer III-12 Surabaya.

5. Meningkatkan sistem dan etos kerja, pengawasan dan pembinaan kelembagaan Pengadilan Militer III-12 Surabaya.

6. Menyusun program anggaran sesuai kebutuhan organisasi dan melakukan secara optimal serta akuntabel.